Второй сезон, главным образом, сосредоточен на 8 беглецах. Появились новые персонажи: специальный агент ФБР Александр Махоуни (Уильям Фичнер), который преследует беглецов, агент Секретной Службы Билл Ким (Регги Ли), посредник между Келлерманои и президентом Рейнолдс и другие. "Второй сезон - это просто хаос" - говорит создатель сериала Пол Шеринг. "Мы раскидали наших парней в четыре разных уголка страны. Они все свободны. Мы буквально освободили их из клетки и теперь они будут все делать то, что захотят. И у всех у них свои концовки игры, которые были нами поставлены ещё в первом сезоне".
Премьера в США и Канаде - 21 августа 2006 года. Второй сезон состоит из 22 эпизодов.